Trường Tiểu học Lê Thánh Tông được thành lập năm 2016 với 2 điểm trường:
- Cơ sở 1: 197-199 Trịnh Đình Trọng, Khu phố 30, phường Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh.
- Cơ sở 2: 173/23/78 Khuông Việt, Khu phố 41, phường Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh.
Từ năm 2020 trường tiếp nhận:
- Cơ sở 3: 53 - 55 Lê Ngã, phường Phú Trung, quận Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh.
Đến tháng 6 năm 2025 trường bàn giao lại Cơ sở 3 cho Trường Mầm non Phượng Hồng và tiếp nhận thêm 1 điểm trường mới:
- Cơ sở 3: 398 Lũy Bán Bích, Khu phố 28, phường Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh
Cán bộ quản lý trường các giai đoạn
- Từ năm 2016 đến ngày 17 tháng 10 năm 2024:
+ Hiệu trưởng: Cô Đặng Thị Thu Thanh
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Trịnh Quốc Khánh
Từ ngày 18 tháng 10 năm 2024 đến nay:
+ Hiệu trưởng: Cô Lâm Thị Ngọc Ánh
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Trịnh Quốc Khánh